Το 1998 διαπιστώθηκε για πρώτη φορά ότι στον Μεγάλο Κοραλλιογενή Ύφαλο έκανε μαζικά την εμφάνιση του το φαινόμενο που είναι γνωστό ως αποχρωμάτιση (λεύκανση). Τα κοράλλια είναι εξαιρετικά ευαίσθητοι οργανισμοί και οι αλλαγές στο φυσικό τους περιβάλλον τα επηρεάζει γρήγορα.
Η αύξηση της θερμοκρασίας των υδάτων λειτουργεί τοξικά για τα κοράλλια που βασίζουν την ύπαρξη τους σε άλγη (φύκια) που τους παρέχουν τροφή και τους δίνουν το χρώμα τους. Η αύξηση της θερμοκρασίας προκαλεί την αποκόλληση των αλγών από τα κοράλλια με αποτέλεσμα αυτά να χάνουν το χρώμα τους, να αποδυναμώνονται και τελικά να πεθαίνουν.
Έχουν υπάρξει τουλάχιστον τρία επιβεβαιωμένα μεγάλης έκτασης κρούσματα λεύκανσης τον Μεγάλο Κοραλλιογενή Ύφαλο τα τελευταία 23 έτη με αποτέλεσμα να έχει ήδη καταστραφεί πολύ μεγάλο μέρος του με πολλούς ειδικούς να θεωρούν ότι πρόκειται για καταστροφή που δεν μπορεί να αναπληρωθεί.
Με δημοσίευση τους στην επιθεώρηση Global Change Biology ερευνητές με επικεφαλής επιστήμονες του Πανεπιστημίου James Cook στην Αυστραλία αναφέρουν ότι μετά τα κοράλλια έχουν αρχίσει να αποχρωματίζονται και τα ψάρια του υφάλου τα οποία όπως και όλα τα ψάρια των κοραλλιογενών υφάλων είναι κατά βάση είτε πολύχρωμα είτε αν είναι μονόχρωμα έχουν έντονη απόχρωση. Σύμφωνα με τους ερευνητές τα ψάρια στον μεγάλο κοραλλιογενή ύφαλο έχουν αρχίσει να παίρνουν μια ενιαία «μουντή» όπως την χαρακτηρίζουν απόχρωση. Οι ερευνητές σημειώνουν το γεγονός χωρίς να μπορούν ακόμη να δώσουν μια εξήγηση στο φαινόμενο και το αν και πώς σχετίζεται η αποχρωμάτιση των κοραλλιών με αυτή των ψαριών.
Να σημειωθεί πάντως ότι η δημοσίευση των ερευνητών για την αποχρωμάτιση των ψαριών έρχεται λίγες μέρες μετά την διαπίστωση ότι στον Μεγάλο Κοραλλιογενή Ύφαλο έχει εκδηλωθεί μια νέα επιδημία λεύκανσης των κοραλλιών που είναι η τέταρτη μέσα σε διάστημα επτά ετών.
