Εξήντα εννέα ετών, καταπονημένος από ισχιαλγία και αρκετά κουρασμένος από διαμάχες, ο Γαλιλαίος έφτασε στη Ρώμη στις 13 Φεβρουαρίου 1633. Είχε κληθεί από τον Πάπα Ουρβανό VIII σε μια Ιερά Εξέταση που ερευνούσε τον Διάλογο του σχετικά με τα δύο κύρια συστήματα του κόσμου. Η κατηγορία ήταν ιερουσυλία.
Η αιτία ήταν η υποστήριξή του στη θεωρία του Κοπέρνικου ότι οι πλανήτες, συμπεριλαμβανομένης της Γης, περιστρέφονταν γύρω από τον ήλιο. Σε εκείνη τη δίκη του 1633, δύο κόσμοι ήρθαν σε σύγκρουση. Ο κόσμος της επιστήμης και του ανθρωπισμού του Γαλιλαίου συγκρούστηκε με τον κόσμο του Σχολαστικισμού και του απολυταρχισμού που κατείχε την εξουσία στην Καθολική Εκκλησία. Το αποτέλεσμα ήταν μια τραγωδία που σηματοδότησε τόσο το τέλος της ελευθερίας του Γαλιλαίου όσο και το τέλος της Ιταλικής Αναγέννησης.
Η ηλιοκεντρική θεωρία
Ο Κοπέρνικος είχε δημοσιεύσει την ηλιοκεντρική θεωρία του το 1543. Οι ιδέες του καταδικάστηκαν από θρησκευτικούς ηγέτες —όχι μόνο τους Καθολικούς αλλά και τους Προτεστάντες — επειδή έρχονταν σε αντίθεση με τη Βίβλο. Σιγά-σιγά, όμως, οι αστρονόμοι άρχισαν να αποδέχονται ότι το σύμπαν είχε επίκεντρο τον ήλιο.
Η αποδοχή του ίδιου του Γαλιλαίου, που σφυρηλατήθηκε τη δεκαετία του 1590, έγινε ισχυρότερη το 1609, όταν χρησιμοποίησε μια νέα εφεύρεση, το τηλεσκόπιο, για να μελετήσει τους πλανήτες. Ανακαλύπτοντας ότι η Σελήνη είχε κρατήρες, ο Δίας περιφερόταν από φεγγάρια και η Αφροδίτη είχε φάσεις όπως η Σελήνη, απέρριψε την αποδεκτή πεποίθηση ότι οι ουρανοί ήταν σταθεροί, τέλειοι και περιστρέφονταν γύρω από τη Γη.
Οι εκκλησιαστικές αρχές, ωστόσο, αντιτάχθηκαν σε μια επιστολή του 1613 που έγραψε υποστηρίζοντας τη θεωρία του Κοπέρνικου. Του δόθηκε εντολή να μην συζητήσει ποτέ τη θεωρία με οποιονδήποτε τρόπο.
Ο Διάλογος και η Ιερά Εξέταση
Στα τέλη της δεκαετίας του 1620, ο Γαλιλαίος πίστευε ότι ο Πάπας Ουρβανός θα ήταν πιο ανοιχτός στις ιδέες του από τους προηγούμενους πάπες. Έγραψε τον Διάλογο ως συνομιλία μεταξύ ενός οπαδού του Κοπέρνικου και ενός οπαδού της γεωκεντρικής θεωρίας της Εκκλησίας, ελπίζοντας να ξεφύγει από την καταδίκη παρουσιάζοντας και τις δύο απόψεις.
Το τέχνασμα απέτυχε και τον κάλεσαν για Ιερά Εξέταση. Ο μύθος τον θέλει όταν τελείωσε η Εξέταση και αφού είχε υποχρεωθεί να αποκηρύξει τις απόψεις του, να αναφωνεί αποχωρώντας από την αίθουσα: «Κι όμως γυρίζει».
Καταδικάστηκε για ιεροσυλία σε ισόβια φυλάκιση, το βιβλίο του απαγορεύτηκε και ο ίδιος έλαβε εντολή να αποκηρύξει και να καταραστεί τις απόψεις του. Εξαιτίας του προχωρημένου της ηλικίας του ωστόσο έμεινε μόνο λίγους μήνες στη φυλακή και στη συνέχεια του επέτρεψαν να εκτίσει την ποινή σε κατ’ οίκον περιορισμό, στη Φλωρεντία.